Sakralna zbirka sadrži vrlo vrijedne primjere predmeta koji se mogu podijeliti na nekoliko tematskih cjelina: slikarstvo, skulpturu, crkveni tekstil, crkveno posuđe, oltarske svijećnjake, raspela i svetačke medalje. Dio zbirke potječe iz same palače Staroga grada, iz baroknog razdoblja prve polovice 18. stoljeća i doba vladavine grofova Althana. Predmeti su se nalazili u dvorskoj kapeli koju su Althani zavjetovali sv. Franji Ksaverskom. Jedan od najvrjednijih primjera sakralnog slikarstva u Zbirci je oltarna pala svete Jelene u čijem je liku prikazana grofica Ana Marija Althan rođ. Pignatelly. Pala je nekoć stajala na glavnom oltaru crkve pavlinskog samostana sv. Jelene u Šenkovcu. Ovo vrhunsko djelo baroknog sakralnog slikarstva dokaz je postojanja razvijene pavlinske slikarske škole u Međimurju koja je djelovala u sklopu šenkovečkog samostana. Iznimnu vrijednost nosi i skulpturalna grupa svetog Ivana Nepomuka s dva anđela koja je bila postavljena ispred Starog grada unutar poklonca, koji je također podigla grofica Ana Marija Althan rođ. Pignatelly u prvoj polovici 18. stoljeća. Ostale slike i skulpture, kao i većina predmeta iz Zbirke, imaju provenijenciju iz crkava diljem Međimurja, kojima je u muzeju restauracijom i konzervacijom vraćeni stari sjaj. Posebno iznenađenje predstavljaju dvije slike varaždinskog slikara-redovnika Antuna Janešića iz 1889. godine koje su prilikom rendgentskog snimanja otkrile starije slike nepoznatog autora iz 18. stoljeća preslikane Janešićevom rukom.
Od crkvenog tekstila najvrjedniji su primjerci barokna misnica ili kazula iz 18. stoljeća izložena u stalnom postavu i svećenički crni plašt ili pluvijal koji se nosio isključivo tijekom rekvijema i sprovoda.
Posebnu cjelinu unutar Zbirke čine svetačke medalje nađene u grobovima uz porušenu gotičku crkvu svetog Mihovila u Mihovljanu. Datiraju od 15. do 17. stoljeća, uglavnom su izrađeni od bronce, bakrenog lima i s jednim primjerom od kositra. Medalje su značajne zbog ikonografskih prikaza na tematiku kristološkog i marijanskog ciklusa te predstavljaju povijesni dokaz kojim su se svecima ljudi na ovom području zavjetovali i koja su hodočasnička mjesta posjećivali diljem Europe.
Crkveno posuđe od plemenitih materijala čini zasebnu cjelinu stilski razlučivu u doba baroka i klasicizma. Jedinstveni primjerak Zbirke je relikvijar svetog Simplicija načinjen od metalnih niti na podlozi od svile i čipke s reljefnim medaljonima od voska i ukrasima od poludragog kamenja, bisera i staklenih perli.
voditeljica zbirke: Maša Hrustek Sobočan, viša kustosica
porijeklo: otkup, poklon
vrsta predmeta: crkveni tekstil, crkveno posuđe, slike i skulpture sakralne tematike, svetačke medalje, oltarski svijećnjaci