Muzej Međimurja Čakovec osnovan je kao Gradski muzej Čakovec 19. veljače 1954. godine, a s radom je započeo 15. ožujka te iste godine. Tada novootvorena ustanova definirana je kao kompleksan muzej zavičajnog tipa, što je i danas.

Od samih početaka sakupljačka politika povezana je isključivo s područjem Međimurja, a karakter muzeja definiran je kao kulturno-prosvjetni. Muzej je u začetku imao samo dva zaposlenika – direktora i kustosa Aleksandra Schulteisa, akademskog kipara te Stjepana Leinera, administrativnog službenika koji je ujedno radio i poslove prepariranja i fotografiranja građe. Obojica su bili veliki entuzijasti koji se nisu libili ni fizički zahtjevnih poslova uređenja muzejskih prostora i premještanja namještaja i kamene građe, niti obilaska čitavog Međimurja biciklima kako bi prikupili umjetnički i povijesno vrijednu građu za fundus Muzeja.

U svrhu poticanja građana na darivanje ili prodaju predmeta za budući muzej postavljena je u travnju 1954. godine Kulturno-historijska izložba u Domu sindikata. Namjera ove izložbe bila je upoznavanje građanstva s budućom djelatnošću muzeja. Najveći dio predmeta za izložbu bio je posuđen, a kasnije i otkupljen od građana za muzejski fundus u nastajanju.

Muzejska uprava preselila je u prostore utvrde Staroga grada u rujnu 1954. godine te je napokon, nakon rješavanja problema sa stanarima i određenog perioda adaptiranja prostora, muzej otvoren za javnost 29. svibnja 1955. godine. Već s 1. srpnjem 1955. godine čitav kompleks Starog grada stavljen je pod zaštitu i dobiva status kulturno-historijskog spomenika Rješenjem Konzervatorskog zavoda Hrvatske u Zagrebu. Iduće, 1962. godine, Muzej postaje vlasnik cijelog objekta Staroga grada, a 1965. donošenjem Statuta, Gradski muzej Čakovec mijenja naziv u Muzej Međimurja Čakovec. Muzejski je stalni postav prvo desetljeće i pol obitavao u manjoj zgradi utvrde, a nakon iseljenja Gimnazije 1967. godine iz centralne palače Starog grada, postepeno i planski seli na prvi i drugi kat centralnog zdanja gdje je smješten i danas. Muzej je također vlasnik arheološkog lokaliteta bivšeg pavlinskog samostana s kapelom Svete Jelene u Šenkovcu i rodne kuće našeg najpoznatijeg slikara 20. stoljeća Ladislava Kralja Međimurca koja je od 1979. godine pretvorena u Memorijalnu zbirku Ladislava Kralja Međimurca, sa stalnim i galerijskim postavom otvorenim za javnost.